Toulouse está cerca de los Pirineos (de 1,5 - 3 horas tienes practicamente todas las estaciones que son muchas.
Hay vuelos desde Madrid, Barcelona, Sevilla y Málaga... hay TGV, es decir es una ciudad grande dinámica, con empleo y con muchos universitarios. Es la cuarta ciudad de Francia en habitantes.
Opcionalmente tendrías Pau y Tarbes (mucho más pequeñas) o bien Perpignan que está cerca de la playa y la montaña (Pirineos Orientales). Si quieres combinar es la opción número uno sin duda. Además tendrás cerca Barcelona o Toulouse para ir a una ciudad grande.
Respecto a los Alpes, Chambery que comenta Newmountain, la visité una vez y me pareció una ciudad agradable.
Grenoble también la he visitado, buen sitio por la localización y una estación como Chamrousse a un paso, pero la ciudad es deprimente, creo que es la ciudad francesa más fea y con peor ambiente que he conocido.
Annecy es del estilo a Chambery, tal vez más turística (y puede que cara) pero muy chula.
Como ciudad como tal, grande (tercera en población), Lyon no está tan cerca pero no está lejos. No la conozco, me han dicho que está bien y tiene la reputación de tener buena cocina.
Altbertville y Moûtiers los conozco de pasada y no me parecieron muy acogedores. No son lugares muy grandes pero si cerca de estaciones.
Si permites cambiar Francia por Suiza te diría que Ginebra (que también hablan francés)